ProTargetMiner: Βάση δεδομένων αντικαρκινικών μορίων – νέο εργαλείο απλοποιεί την ερευνά για τον καρκίνο
ProTargetMiner: Νέο εργαλείο απλοποιεί την ερευνά για τον καρκίνο
Κάθε κύτταρο περιέχει έναν τεράστιο αριθμό πρωτεϊνών, κάθε μία από τις οποίες έχει μια συγκεκριμένη λειτουργία.
Οι διαταραχές αυτών των λειτουργιών μπορούν να επηρεάσουν σοβαρά ένα κύτταρο και να προκαλέσουν ασθένειες όπως ο καρκίνος, οπότε το άρρωστο κύτταρο λειτουργεί με έναν θεμελιωδώς διαφορετικό τρόπο από ότι ένα υγιές.
Είναι επομένως πολύ συνηθισμένο το να έχει ένα φάρμακο ως στόχο του μια πρωτεΐνη. Συνεπώς, οι επιστήμονες ενδιαφέρονται να αναπτύξουν μια σχετικά απλή μέθοδο ικανή να προσδιορίσει ποιες πρωτεΐνες επηρεάζονται από ένα συγκεκριμένο φάρμακο.
Ορισμένες από αυτές τις μεθόδους είναι ήδη διαθέσιμες, αλλά όλες έχουν τις αδυναμίες τους. Οι ερευνητές του Ινστιτούτου Καρολίνσκα, κάνοντας χρήση αυτών των μεθόδων προσπάθησαν να δημιουργήσουν ένα νέο εργαλείο, το ProTargetMiner, που θα δίνει πιο αξιόπιστα και ακριβή αποτελέσματα. Πειραματίστηκαν με κύτταρα καρκίνου του πνεύμονα που υποβλήθηκαν σε θεραπεία με 56 διαφορετικά είδη φαρμάκων.
Για κάθε ένα από τα φάρμακα, βρήκαν τη δόση που θανατώνει τα μισά από τα κύτταρα μετά από 48 ώρες (LC50) και στη συνέχεια χρησιμοποίησαν αυτή τη δόση για όλα τα φάρμακα. Όταν τα μισά από τα κύτταρα θανατώθηκαν, εξέτασαν το πρωτέωμα κάθε κυττάρου για να διαπιστώσουν ποιες πρωτεΐνες στοχεύουν τα φάρμακα.
Σε άλλα πειράματα, εξέτασαν τα φάρμακα σε κύτταρα από όγκους μαστών και εντερικούς όγκους και κατέληξαν σε συμπεράσματα σχετικά με το βαθμό στον οποίο τα φάρμακα είναι ειδικά ή γενικά στην ικανότητά τους να στοχεύουν καρκινικά κύτταρα.
Τα αποτελέσματα αυτών των πειραμάτων περιγράφονται σε μια βάση δεδομένων το ProTargetMiner, που έχουν δημιουργήσει οι ερευνητές και την οποία μπορεί να αναζητήσουν άλλοι ερευνητές ενώ η ίδια η μέθοδος περιγράφεται λεπτομερώς σε άρθρο του Nature Communications.
Στόχος είναι να μπορούν άλλοι ερευνητές να εκτελούν παρόμοια πειράματα με άλλα φάρμακα χρησιμοποιώντας το ίδιο μοντέλο και να επεκτείνουν έτσι την βάση δεδομένων με περισσότερες πρωτεΐνες στόχους για περισσότερα φάρμακα.
«Αυτή η μέθοδος, ProTargetMiner, μπορεί να συμβάλει στην επιτάχυνση τμημάτων της διαδικασίας ανάπτυξης νέων φαρμάκων ή στη βελτίωση της κατανόησης των υφιστάμενων φαρμάκων», δηλώνει ο καθηγητής Roman Zubarev στο Ινστιτούτο Καρολίνσκα.
Amir Ata Saei, Christian Michel Beusch, Alexey Chernobrovkin, Pierre Sabatier, Bo Zhang, Ülkü Güler Tokat, Eleni Stergiou, Massimiliano Gaetani, Ákos Végvári & Roman A. Zubarev
Nature Communications Volume 10, Published Article number: 5715 (2019). DOI https://doi.org/10.1038/s41467-019-13582-8
Νέο εργαλείο απλοποιεί την ερευνά για τον καρκίνο
ProTargetMiner - Βάση δεδομένων αντικαρκινικών μορίων
Ερευνητές εξέτασαν τα φάρμακα σε κύτταρα από όγκους μαστών και εντερικούς όγκους και κατέληξαν σε συμπεράσματα σχετικά με το βαθμό στον οποίο τα φάρμακα είναι ειδικά ή γενικά στην ικανότητά τους να στοχεύουν καρκινικά κύτταρα.
